Baltų Instituto mintį iškėlė estų mokslininkai Švedijoje. Bet čia ji negalėjo būti įvykdyta dėl mažo latvių, o ypač lietuvių tremtinių skaičiaus. Perkelta į Vakarų Vokietiją, ši mintis rado pritarimo tiek baltų tremtinių organizacijose, tiek Vokietijos Vyriausybėje, kuri organizuoti Institutui paskyrė savo įgaliotinius: prof. G. Ipsen (Dortmund) ir prof. P. Johansen (Hamburg). Pirmasis baltų - vokiečių pasitarimas Instituto reikalu įvyko Hamburge 1951 m. liepos 16-17 d., kuriame iš estų dalyvavo prof. E. Inari, latvių — prof. E. Šturms, lietuvių — prof. Z. Ivinskis ir du minėti vokiečių profesoriai. Pasitarimo metu buvo nusistatyta: 1. organizuoti Baltų Institutą mokslo akademijos forma; 2. uždėti jam pareigą rūpintis ne tik mokslo tyrimais, bet ir baltų mokslininkų prieaugliu; 3. parinkti kandidatus į tikruosius Instituto narius ir pristatyti juos atitinkamoms baltų institucijoms tvirtinti; 4. finansinį Instituto išlaikymą padalinti pusiau tarp vokiečių vyriausybės ir trijų baltų tautų tremtinių (pusę reikalingų lėšų duoda vokiečių vyriausybė, o kitą pusę sudaro trys baltiškieji įnašai); 5. paprašyti pritarimo Instituto idėjai ir paramos jo išlaikymui iš baltiškųjų tremties veiksnių.
Netrukus po šio pasitarimo vokiečių vyriausybės įgaliotinis prof. G. Ipsen raštu kreipėsi į visų trijų baltų tautų veiksnius. Iš lietuvių į VLIKą, į Lietuvos Diplomatijos Tarnybos Šefą p. min. St. Lozoraitį ir į PLB Vokietijos Krašto Valdybą. VLIKas savo atsakyme "nuoširdžiu dėkingumu sveikina Vokiečių Vyriausybės iniciatyvą steigti Baltų Institutą", "pritaria lietuvių profesorių kandidatūrai" (Hamburge buvo pasiūlyti į tikruosius narius iš lietuvių prof. Z. Ivinskis ir prof. A. Maceina), "įsipareigoja dalyvauti finansiniame Instituto išlaikyme" (raštas 1951 m. rugp. 10 d.). Diplomatijos Šefas savo atsakyme pažymi, kad jis "gyvai sveikina iniciatyvą", ryšium su Baltų Instituto steigimu, "neturi nieko prikišti nei į tikruosius narius pasiūlytiems kandidatams, nei statuto apmatams", tikisi, kad "lietuviškoji viešoji nuomonė vokiečių vyriausybės draugišką nusistatymą labai šiltai pasveikins" (raštas 1951 m. rugp. 17 d.). PLB Vokietijos Krašto Valdybos vardu atsakydamas p. dipl. inž. Pr. Zunde pažymi, kad VLIKo atsakymas prof. G. Ipsenui buvo sustatytas su šios Valdybos žinia bei pritarimu ir kad Valdyba savo ruožtu sveikina Instituto steigimo mintį ir linki visiško pasisekimo" (raštas 1951 m. rugp. 8 d.).
Formaliai Baltų Institutas buvo įregistruotas vokiečių teisme Bonnoje tiktai 1952 m. vasarą. Pirmasis darbo posėdis įvyko 1953 m. sausio 5 dieną.
Pagal statutą Baltų Institutas yra mokslo tikslams, būtent: ugdyti, išlaikyti ir pratęsti europines estų, latvių ir lietuvių tautų kultūrines tradicijas; skatinti mokslinį minėtų tautų prieauglį; Institutas neužsiima aktualiais politinio pobūdžio klausimais; jo veikla apima visus humanistinius Baltijos erdvės mokslus.
Baltų Institutas turi tris rūšis narių. 1. Tikraisiais nariais gali būti baltų tautų mokslininkai — humanitarai, turį teisę dėstyti aukštosiose mokyklose. Jų kiekviena baltų tauta turi turėti Institute po lygiai; bendras skaičius negali peržengti dvylikos. Šiuo metu Baltų Instituto tikraisiais nariais yra: estai — prof. E. Kant (neveiklus; gyvena Švedijoje) ir prof. M. Toomse; latviai — prof. E. Dunsdorf (neveiklus; gyvena Australijoje) ir prof. E. Šturms; lietuviai — prof. Z. Ivinskis ir prof. A. Maceina. 2. Nariais korespondentais gali būti įvairių tautų mokslininkai, pasižymėję savo darbais baltistikos srityje. Jų skaičius negali peršokti 120. Iš lietuvių Baltų Institutas nariais korespondentais iki šiol yra išrinkęs: J. Balį, M. Biržišką, V. Biržišką, J. Brazaitį, M. Gimbutienę, J. Girnių, J. Jakštą, P. Joniką, S. Kolupailą, V. Maciūną, K. Pakštą, J. Puziną, A. Salį, P. Skardžių, A. Šapoką, V. Šilkarskį, A. Vaičiulaitį. Nariai korespondentai gali dalyvauti patariamuoju balsu visuose Baltų Instituto posėdžiuose ir suvažiavimuose. Jie nemokamai gauna Instituto metraštį. 3. Nariais rėmėjais gali būti tiek atskiri asmenys, tiek organizacijos, įstaigos ir firmos. Jie savo pačių laisvai nusistatytu mokesčiu paremia Institutą. Jie taip pat gauna Instituto metraštį.
Baltų Institutui vadovauja pirmininkas, renkamas kasmet iš eilės pagal baltų tautas. Šiais veiklos metais (1955-56) juo yra prof. Z. Ivinskis, gyvenąs Bonnoje, kur kolkas yra Instituto buveinė. Tačiau norima Institutą perkelti į kokį nors kitą universitetinį miestą, kuris suteiktų didesnių galimybių baltistiniams tyrinėjimams.
Baltų Institutas veikia trimis kryptimis. 1. Mokslo kūrimas yra pavestas tikriesiems nariams. Jie gauna konkrečius uždavinius ir turi kasmet pranešti Institutui apie savo darbus. Lietuviai yra sutikę paruošti: prof. Z. Ivinskis — "Lietuva 16-tame šimtmetyje", prof. A. Maceina — "Lietuviškosios kultūros pobūdis". Instituto metraštyje jie yra paskelbę šiuos didesnius darbus: prof. Z. Ivinskis — "Pirmosios lietuviškosios knygos Vilniuje" ir "Bažnytinis Lietuvos giedojimas 16-17 šimtmetyje"; prof. A. Maceina — "Liaudies daina kaip tautos sielos išraiška". Juodu taip pat pradeda ruošti "Lietuvių kultūros istoriją". Šiam darbui talkon bus kviečiami visi kiti mūsų lituanistai. 2. Baltų mokslininkų prieaugliui ruošti Institutas duoda jauniems mokslininkams stipendijų — kekvienai tautybei po vieną. Ją gavę asmens turi parašyti savo pačių pasirinktą, bet Instituto aprobuotą didesnį darbą ir jo santrauką paskelbti Instituto metraštyje. Iš lieuvių tokias stipendijas yra gavę: Dr. V. Literskis (1953 m.; jo darbas — "Baltijos uostai"). Dr. P. Rėklaitis 1954 m.; jo darbas — "Gotika Lietuvoje"), kun. K. Senkus (1955 m.; jo darbas — "Lietuvių liaudies dainų melodijos"). 3. Baltų studentams remti Institutas kasmet skiria 8000 DM, kurios padalinamos po lygiai visoms trims tautoms. Kas šią paramą gauna, nusprendžia pačios studentų atstovybės.
Institutas leidžia metraštį "Commentationes Balticae". Kas vasarą yra ruošiami baltų studentų suvažiavimai. Kas treji metai turėtų įvykti baltų mokslininkų suvažiavimai. Baltų Institutas organizuoja baltistinę biblioteką, telkdamas tiek senesniuosius, tiek tremtyje pasirodžiusius baltų leidinius. Savo raštinei ir bibliotekai Institutas yra gavęs gana skurdžias patalpas Bonnos universiteto rūmuose.
Baltų Institutui išlaikyti vokiečių vyriausybė duoda pusę reikiamos sumos. Kitą pusę turėtų sudėti baltų tremtinių organizacijos. Iki šiol šių organizacijų įnašai buvo labai maži. Iš lietuvių buvo VLIKo Institutui duota: 1953 m. — 2000 DM, 1954 m. — nieko, 1955 m. — 1000 DM. Estai ir latviai mus stipriai pralenkia. Jeigu baltiškieji įnašai padidėtų, būtų galima išleisti mūsų lituanistų, pirmoje eilėje narių korespondentų, mokslinius darbus.