Paulius Rabikauskas, S.J.
Istorijos ir etnografijos muziejuje Vilniuje yra nežinomo tapytojo XVII amžiuje aliejumi ant drobės pieštas atvaizdas su lotynišku Įrašu: "Gerbiamas Tėvas Petras Skarga, iš Jėzaus Draugijos, trečiasis Vilniaus kolegijos, pirmasis naujai įsteigtos akademijos ir universiteto rektorius, 1580 Viešpaties metais”. Tai prie knygomis apkrauto stalo sėdinčio, kaire ranka atverstą knygą prilaikančio, dešinėje žąsies plunksną paėmusio kunigo portretas. Ten pat ant kito šalia stovinčio stalelio sukrautos rektoriaus insignijos: toga, statutų knyga, skeptras ir keturbriaunis biretas. (Plg- leidinį "Lietuvos tapyba XVI-XIX a.”, Vilnius 1970, 6 atv.). Kadangi portreto įraše nurodyta taip pat Skargos mirties data, todėl reikia manyti, jog jis nutapytas po 1612 metų. Greičiausiai kaip tik jo mirties proga norėta Vilniuje tokiu būdu pagarbiai paminėti ir ateities kartoms priminti pirmąjį universiteto rektorių. Tačiau pirma žvilgterėkime, kas buvo tie du prieš Skargą buvusieji Vilniaus kolegijos rektoriai.
STANISLOVAS VARŠEVICKIS (REKTORIUS: 1570-1578)
Naujai įkurtai Vilniaus jėzuitų kolegijai vadovauti buvo paskirtas iš Romos atvykęs lenkas Stanislovas Varševickis (Warsze-wicki). Tuomet jis buvo 41 metų amžiaus, bet tiktai prieš trejus metus įstojęs į jėzuitus. Prieš tai buvo trijų įžymių kapitulų Lenkijoje (Poznanės, Gnezno ir Lovičo) prelatas ir Poznanės katedroje pamokslininkas. Kilęs iš didikų senatorių Varševickių šeimos — jo senelis Stanislovas buvo Mozūrų vaivada, tėvas Jonas tapo Varšuvos kaštelionu, o brolis Kristupas pagarsėjo kaip diplomatas ir politinėmis temomis veikalų autorius — dvidešimtmetis Stanislovas įsirašė į Vitenbergo universitetą, kur klausė Melanchtono ir kitų Liuterio sekėjų paskaitų. Po to dar studijavo Paduvoje ir 1556 m. grįžo į Lenkiją. Čia jo laukė perspektyvi karjera. Gavo vietą karaliaus Žygimanto Augusto kanceliarijoje, po kurio laiko tapdamas jos regentu. Bet darbas ir gyvenimas karaliaus dvare nepatenkino jo sielos gelmių. Norėdamas geriau panaudoti savo sugebėjimus, 1562 m. nutarė visas pasišvęsti apaštaliniam darbui. Tais metais priėmė kunigo šventimus ir apsigyveno Poznanėje. Išgirdęs apie Varmijoje įsikūrusius jėzuitus, pakartotinai lankėsi Brausberge, ten atliko rekolekcijas. Ir taip pribrendo ryžtas įstoti į vienuoliją, kuri — kaip jis pats rašė — "nekeisdama rūbų ir neskųsdama viršugalvių (t.y., nebūdama tokia, kokiais buvo pranciškonai ir kiti viduramžių ordinai), bet vilkėdama bendrais su kitais kunigais drabužiais, siekia visiško tobulumo” (žr. J. Warszawski, Vo-cationum liber autobiographicus. . . , Roma 1966, psl. 314). Jėzuitu tapo Romoje 1567 m. lapkričio 24 d. Ten išbuvo apie pustrečių metų ir turėjo progos pagilinti savo teologijos žinias. Kai prireikė siųsti steigiamai Vilniaus kolegijai mokymui ir valdymui reikalingą personalą, su keliais kitais buvo pasiųstas ir S. Varševickis, numatant jam pirmojo kolegijos rektoriaus pareigas.
"Vertingesnio asmens šiai kolegijai vadovauti nė būti negali” — rašė 1573 metais, vos keletą mėnesių Vilniuje pagyvenęs garsusis Petras Skarga. Jis šlovina Viešpatį, kad Vilniui davė tokią dovaną. Iš tikro, naujasis rektorius buvo pradedančiai vystytis Vilniaus kolegijai tikra palaima. Su juo, karalystės senatoriaus sūnumi, turėjo skaitytis net ir patys išdidžiausieji Lietuvos ponai. Jo asmeninės pažintys karaliaus dvare buvo labai vertinga atrama visuose iškylančiuose sunkumuose. Bet ir jo paties švelnus, išmintingumu spindįs charakteris laimėjo jam visuotinį palankumą. Tas pats Skarga, apibūdindamas Varševickio valdymą, nesigaili su-perlatyvų: nieko kito neturįs apie jį pasakyti, vien tik tai, kad jo rektoriavimas yra "labai palaimingas, nuosaikus ir labai apdairus” ("De gubernatione illius nil in genere dici a me potest, nisi quod sit felicissima, moderata, prudentissima”).
Pirmasis naujojo rektoriaus rūpestis buvo tvirtai pagrįsti ir išvystyti mokyklą ir mokymąsi. Jau 1570 m. rudenį veikė visos penkios anuomet kolegijose įprastos klasės. 1572 metų pradžioje įvestas trejų metų filosofijos kursas, 1574 metais pradėta dėstyti matematika. Antroje to dešimtmečio pusėje visomis jėgomis ruoštasi įvesti ketverių metų teologijos kursą.
Varševickis vadovavo ne tik mokyklai, bet ir apskritai visai Vilniaus jėzuitų veiklai. 1571 m. pavasarį jam pavyko gauti iš karaliaus dekretą, kuriuo šalia kolegijos esanti miesto parapijos Šv. Jono bažnyčia buvo prijungta prie kolegijos. Kronikose nurodoma, kad Varševickis, anksčiau buvęs karaliaus sekretorium, pats parašė ir prie prašymo prijungė pageidaujamo iš karaliaus dokumento projektą. Gyvendamas Poznanėje, Varševickis buvo sutelkęs nemažą biblioteką. Dalį savo knygų jis liepė atgabenti į Vilnių ir prijungti prie vysk. V. Protasevičiaus jėzuitams padovanotos bibliotekos. Augant mokinių skaičiui, reikėjo nuolat didinti kolegijos pastatus, nuolat ieškoti naujų jai išlaikyti ir joje dirbantiems pragyventi šaltinių. Varševickiui rektoriaujant, nupirkta mieste keletas žemės sklypų, įgyta pora namų. Tuo pačiu metu galutinai įtvirtinta pradinė kolegijos fundacija: 1574 m. perėjo į visišką kolegijos nuosavybę Dvaryščių žemės (aukštaičių Medininkų apylinkėse);
1577 m. už Radvilams, Mikalojaus Juodojo sūnums, paskolintus pinigus gauta stambi Žemaitkiemio valda, kurią po ketverių metų vysk. Jurgis Radvilas atidavė į visišką universiteto nuosavybę.
Tarp daugelio darbų ir rūpesčių valdant kolegiją, Varševickis rasdavo laiko ir tiesioginiam kunigo darbui. Kol dar nebuvo Vilniuje pakankamai savų kunigų, jis kas sekmadienį ir šventadienį sakydavo lenkiškus pamokslus. Nevengdavo susitikimų, pasikalbėjimų, kartais ir viešų disputų su kitatikiais. Ne vienas iš jų, paveiktas jo kilnios asmenybės ir jo aiškinamą tikėjimo tiesų išvidinės jėgos, grįžo atgal į katalikų tikėjimą. Didelę reikšmę turėjo kolegijos moksleiviams ir uoliems Vilniaus miesto katalikams 1573 metais įsteigtos ir per ištisus du šimtmečius sėkmingai veikusios dvi brolijos: Marijos sodalicija ir Kristaus Kūno arba Gailestingumo brolija. Tiesa, pastarąją, kaip matysime, įsteigė P. Skarga, bet jis to nebūtų galėjęs padaryti be rektoriaus pritarimo.
Varševickis, nors buvo ir liko lenku, reikia pripažinti, veikiai įžvelgė, kaip svarbu, kad Kristaus mokslas būtų skelbiamas vietine žmonių kalba. Tarp pirmųjų į Vilnių atvykusių jėzuitų nebuvo nė vieno lietuvio. Todėl rektorius Varševickis nieko nelaukęs pradėjo rinkti tinkamus lietuvius jaunuolius ir juos siųsti į jėzuitų noviciatą Braunsberge. Pirmieji į jėzuitus įstoję lietuviai buvo broliai — padėjėjai įvairiuose kasdieniniuose darbuose. Jiems nereikėjo studijų-nei mokslo, todėl juos buvo galima tuojau priimti. Nuo 1572 metų Braunsbergo noviciate jau sutinkame lietuvių, būsimų kunigų. Pirmieji šeši klierikai novicai "lituani”, įstoję į jėzuitus 1572-1573 metais, buvo Vilniuje gyvenusio, bet iš Italijos kilusio auksakalio sūnus Kasparas M o r a r i s ; kilęs nuo Brastos (Brest), bet Vilniuje savo namus turėjęs ir visuomet lietuviu vadinamas Mikalojus Grebeniauskas (Grzebenewski); vilnietis, pirklio sūnus, Jeronimas Kiniškis; iš Laviškio kaimo (Kavarsko apylinkėje) į Vilnių mokytis atvykęs jaunuolis Jokūbas Lavinskis; vilnietis Jonas G r i g a l a i tis (Grzegorowicz) ir nuo Trakų paeinąs Petras O b o r s k i s . Tiktai vienas Oborskis, atrodo, nebaigęs nociviato pasitraukė. Visi kiti vėliau gavo kunigo šventimus ir darbavosi pastoracijoje. Iš jų žinomiausias J. Lavinskis, palikęs ilgą ir įdomų savo išvykos j Zemaitkiemj (1583 m.) aprašymą. Nežinia, kodėl Lietuvoje naujausiuose Vilniaus universiteto aprašymuose tas pats J. Lavinskis vadinamas lenku, išmokusiu lietuviškai (žr. Vilniaus univ. istorija, 1579 -1803, Vilnius 1976, psl. 95; "Tiesa” 1979 m. sausio 9 d., psl. 2). Visi šaltiniai jį žymi: "Lituanus”, ir vienoje vietoje aiškiai pasakoma, kad kilęs iš Laviškių kaimo.
Savo įtaka į Lietuvos ponus ir bajorus, savo bendravimu su Vilniaus miesto katalikų ir nekatalikų diduomene Varševickis drauge su nuo 1573 m. Vilniuje besidarbuojančiu P. Skarga trumpu laiku pasiekė to, kad jėzuitų veikla buvo palankiai priimta Lietuvos visuomenėje. Tam jis aukojosi visas ir visiškai. Kai, vos metams praėjus nuo kolegijos atidarymo, Vilnių užklupo maro epidemija ir visi, kas tik galėjo, bėgo iš miesto, kolegijos rektorius, išsiuntęs saugion vieton jaunus klierikus ir jų mokytojus, pats su dviem kunigais pasiliko mieste teikti mirštantiems dvasinių patarnavimų. Amžininkams ta jo drąsa padarė didžiausią įspūdį. Albertas Kojalavičius, garsusis Lietuvos istorikas, prisiminęs S. Varševickį, trumpai apie jį išsireiškia: "litterarum Studium eximie excitavit — jis nepaprastai iškėlė studijas”. Iš tiesų, per aštuonerius jo rektoriavimo metus Vilniaus kolegija »pakilo į universitetinį lygį. Bereikėjo tik oficialaus tos padėties pripažinimo ir vardo suteikimo.
Tuo tarpu Varševickio laukė kiti svarbūs uždaviniai: Švedijos karalienės Kotrynos (Žygimanto Augusto sesers) teologo ir busimojo Lenkijos-Lietuvos valdovo Žygimanto auklėtojo pareigos Stokholme, kurios reikalavo nepaprasto atsargumo katalikybei priešiškoje aplinkoje. Po to vėl iš naujo kūrimasis Liubline, kur 1582 metais buvo įsteigta jėzuitų kolegija. Jai Varševickis vadovavo iki 1590 metų. 1587 m. dalyvavo Romoje vykstančioje prokuratorių kongregacijoje, kur atstovavo Lietuvos-Lenkijos jėzuitams. Nuo 1590 metų rudens gyveno Krokuvos jėzuitų namuose. Sekančią vasarą ir rudenį buvusioje Lenkijos sostinėje ėmė siausti maro epidemija. Kaip prieš 20 metų Vilniuje, taip ir dabar Krokuvoje Varševickis drąsiai ėjo guosti apleistųjų, nelaimės ištiktųjų. Bet žiauri liga šį kartą jo nepasigailėjo; apsikrėtė ir mirė 1591 m. spalio 3 d., sulaukęs 61 m. amžiaus.
TRUMPAS JOKŪBO VUJEKO REKTORIAVIMAS (1578-1579)
T. Martynas Laterna, rašydamas 1583 m. į Romą savo generaliniam viršininkui, pamini įžymiausius to meto Lenkijoje jėzuitus: pirmoje vietoje Jokūbą Vujeką, kuriam — rašo Laterna — reikėtų duoti daugiau laisvo laiko, kad galėtų išversti į lenkų kalbą visą Šv. Raštą, nes jis tam geriausiai tinkąs: mokąs hebrajų kalbą, įgudęs graikų kalboje ir esąs "lenkų pusiau Ciceronas” (Polonus Semicicero). Tačiau Stanislovas Varševickis galįs dėl paskutiniųjų dviejų dalykų (graikų kalbos ir iškalbingumo) su juo nesunkiai lenktyniauti, o Petras Skarga savo iškalbingumu irgi galįs vertai įsijungti į lenktynes (plg. Monumentą Poloniae Vaticana, VI, psl. 580). Ir kaip tik visi šie trys garsieji lenkai jėzuitai buvo pirmieji Vilniuje rektoriai. Apie S. Varševickį jau rašėme; dabar meskime žvilgsnį į J. Vujeko veiklą.
Varševickiui 1578 m. balandžio mėn. pabaigoje palikus Vilnių, į jo vietą buvo paskirtas T. Jokūbas Vujekas (Wujek), iki tol vadovavęs 1571 m. Poznanėje įsikūrusiems jėzuitams. Praėjo geras mėnuo laiko, kol jis galėjo atvykti į Vilnių. Iš Didžiosios Lenkijos kilusiam, 40-tuosius metus einančiam naujajam rektoriui tuojau teko labai atsakingas uždavinys: išgauti iš karaliaus ir iš popiežiaus Vilniaus kolegijos į universitetą pakėlimą. Kelią tam jau buvo paruošęs Varševickis, kuris, prieš pat išvykdamas į Švediją — kaip liudija kai kurios stiliaus ypatybės — spėjo parašyti pageidaujamo karaliaus diplomo teksto projektą. Bet vėliau iškilę sunkumai ant Lvove karaliaus duotos privilegijos gauti viešąjį Lietuvos antspaudą, rūpinimasis, kad karalius išduotų naują dekretą, ir pagaliau nauja kova už Lietuvos antspaudo prispaudimą, — visa tai gulė ant J. Vujeko pečių. Tačiau jam pavyko sėkmingai visus tuos reikalus sutvarkyti. Dėl to jį būtų galima vertai laikyti pirmuoju teisėto Vilniaus universiteto rektorium, jei ne naujos kliūtys iš jėzuitų pusės dėl karaliaus dekretu Lietuvos vyskupams skirtos universiteto tvarkyme rolės. Šios kliūtys neleido tuojau pat naudotis karališkąja privilegija. Reikėjo laukti popiežiaus Grigaliaus XIII bulos paskelbimo. O tuomet J. Vujekas jau seniai buvo palikęs Vilniaus universitetą ir pačią Lietuvą.
Į Vilnių atvykstantį Vujeką lydėjo jau pasižymėjusio pamokslininko garsas, rašytojo ir žymaus Šv. Rašto žinovo vardas. Kaip tik prieš trejus metus Krokuvoje jis buvo išleidęs savo dvitomės vadinamosios didžiosios postilės antrąjį tomą. Jau turėjo paruošęs ir mažąją postilę; ją išleido 1579-1580 metais Poznanėje. Tai ta pati postilė, kurią vėliau kan. Mikalojus Daukša išvertė į lietuvių kalbą. J. Vujekas taip pat turėjo laisvųjų menų magistro ir teologijos daktaro laipsnius. Ir ši aplinkybė nebuvo bereikšmė besikuriančiam universitetui, nes iš kitų tuomet Vilniuje dirbančių jėzuitų nedaug kas turėjo panašius mokslo laipsnius; jų neturėjo nei S. Varševickis, nei P. Skarga. Būdamas rektorium, J. Vujekas neatsisakė pats eiti į paskaitų salę ir aiškinti hebrajų kalbą. Kad ir patys jėzuitai jį labai vertino, liudija jo, vos prieš porą mėnesių pradėjusio eiti Vilniuje rektoriaus pareigas, išrinkimas Lenkijos-Lietuvos jėzuitų atstovu į visų ordino provincijų prokuratorių suvažiavimą Romoje. Tačiau į Romą keliauti jam tą sykį neteko: minėtasis suvažiavimas buvo nukeltas į 1579 metų rudenį, kai Vujekas, karaliui Steponui Batorui pageidaujant, buvo užsiėmęs jėzuitų įkurdinimu Transilvanijoje, dabartinėje Rumunijoje. Dėl tos priežasties jam taip pat nebuvo lemta išvystyti savo veiklos Lietuvos aukštojoje mokykloje. Vos vienerius metus išbuvęs jos rektoriumi, Vujekas 1579 m. liepos 31 d. išvyko į Varšuvą ir iš ten į Transilvaniją. Tačiau ir tuo trumpu laiku spėjo Vilniuje palikti šį tą ilgiau išliekamą. Iš svarbesniųjų tais mėnesiais atliktų darbų pažymėtina: prie šv. Jono bažnyčios pristatytas bokštas; pačioje bažnyčioje įtaisytas puošnus Kristaus Kūno brolijos altorius, o kolegijos biblioteka žymiai praturtėjo jai tais metais perduotomis, karaliaus Žygimanto Augusto testamentu paliktomis knygomis.
Vilnius gali didžiuotis bent trumpą laiką turėjęs svarbiausios mokyklos Lietuvoje vadovu šį įžymų katalikybės restauracijos veikėją, pamokslininką, Šv. Rašto žinovą ir vertėją. Jėzuitų provincijolas jį gyrė kaip "labai gerą administratorių” (laiške į Romą, 1578 m. rugpjūčio 10 d.). Tiesa, jis buvo lenkas, lietuviškai nemokėjo. Bet tuomet lietuvių jėzuitų, galinčių vadovauti didelei mokslo įstaigai, visiškai nebuvo. Be to, anais laikais ne tik Vilniuje, bet ir visur kitur iš dirbančių universitete niekas nereikalavo ir nekontroliavo, kokiai kas tautybei priklauso; buvo svarbu geras pasiruošimas ir įgyta kompetencija. J. Vujeko buvimas Vilniuje dar ir tuo atnešė Lietuvai palaimos, kad buvo atkreiptas dėmesys į pastoracijos darbui reikalingiausių knygų vietine kalba paruošimą ir išleidimą. Kaip tik J. Vujeko išleisti lenkų kalba tekstai buvo pavyzdžiu lietuviškiems katekizmo, pamokslų knygos (postilės) ir sekmadienių evangelijų vertimams.
1579 m. palikęs Vilnių, J. Vujekas, atrodo, į jį daugiau nebesugrįžo. Dešimt' metų darbavosi Transilvanijoje, po to apsigyveno Krokuvoje. Šalia kitur eitų viršininko pareigų (du sykius, 1587-1589 ir 1595-1597), buvo Transilvanijos jėzuitų viceprovinciolu) jis daugiausia laiko skyrė viso Šv. Rašto į lenkų kalbą išvertimui. Malžinišką darbą atliko kruopščiai ir tokiu kalbos grakštumu, kad jo vertimas tapo katalikiškoje Lenkijoje klasikiniu tekstu, vis iš naujo perspausdinamu (naujausioji laida pasirodė Krokuvoje 1962 metais). J. Vujekas mirė Krokuvoje 1597 m. liepos 27 d., sulaukęs 58 mėty amžiaus.
UNIVERSITETO REKTORIUS PETRAS SKARGA (1579-1582)
Ir trečiasis Vilniaus kolegijos bei sykiu pirmasis universiteto rektorius priklausė tai 27 jaunuolių iš Lenkijos-Lietuvos grupei, kuri 1565-1575 metais Romoje jėzuitų ordine žengė pirmuosius vienuoliškojo gyvenimo žingsnius ir ne vienas taip pat sėmėsi mokslo žinių. Pažymėtina, jog ne tik pirmieji trys, bet ir visi kiti iki XVI a galo buvę Vilniaus universiteto rektoriai priklausė tai "romėniškųjų” jėzuitų grupei. P. Skarga, kilęs iš Mozūrų, Krokuvoje tapęs bakalauru, pradžioje kurį laiką mokytojavo Varšuvoje, vėliau auklėjo didikų Tęczynskių vaikus ir su jais trejus metus praleido Vienoje. Ten pirmą kartą susipažino su jėzuitais. Sugrįžęs į Lenkiją ir kiek pasiruošęs, 1564 m. Lvove gavo kunigystės šventimus ir pradėjo to miesto katalikų katedroje sakyti pamokslus.
Tačiau jį, jauną, pilną energijos kunigą, viliojo kilnesni įsipareigojimai. Iš jo vaizduotės neišnyko Dievui ir žmonėms pasiaukoję naujo, kitokio negu lig tol būdavo, ordino nariai, su kuriais jis buvo susipažinęs Vienoje. Atsisakęs visų pelningų ir garbingų vietų, jis išvyko į Romą ir 1569 m. vasario 2 d. įstojo į jėzuitus. Ten rado keletą savo tautiečių, jų tarpe ir S. Varševickį, nuo 1567 m. jėzuitą (J. Vujekas jau 1567 m. buvo grįžęs į Lenkiją). Romoje Skarga po trumpo noviciato klausė teologijos paskaitų. 1571 m. pavasarį grįžo į Lenkiją ir pradėjo darbuotis Pultusko kolegijoje. Praėjus dvejiems metams, 1573 m. pradžioje, viršininkai Skargą perkėlė į Vilnių, pavesdami jam lenkų kalba pamokslininko pareigas. Kai netrukus (1574 m. vasarą) rektorius Varševickis, pageidaujant popiežiui, išvyko į Švediją pas Karalių Joną III, Skarga tuos kelis mėnesius vicerektoriaus titulu vadovavo Vilniaus kolegijai. Kitaip dalykai susiklostė 1578 metais, Varševickiui antrąkart išvykstant į Švediją. Nors Skarga tebebuvo Vilniuje, naujojo rektoriaus pareigoms, kaip matėme, buvo iš Poznanės atkviestas Jokūbas Vujekas. Tik kai ir šiam sekančiais metais prireikė keliauti į Transilvaniją, provinciolas Pr. Sunjeris naujojo universiteto rektorium paskyrė P. Skargą. Reikia manyti, kad tokį provinciolo nuosprendį nemaža lėmė karaliaus Stepono Batoro, kuris tą pavasarį ir vasarą buvojo Vilniuje, Skargai rodomas palankumas.
Kas tik kada nors rašė apie Vilniaus universiteto įsteigimą ir jo pradinę veiklą, visi gyrė ir aukštino pirmojo rektoriaus asmenybę ir jo nuopelnus Lietuvos aukštajai mokyklai. Bet norinčiam tiksliau sužinoti, ką ypatingo jis kaip rektorius nuveikė, tie istorikai nedaug tepadeda, — jie nenurodo nieko didingo, įspūdingo iš jo veiklos universiteto naudai. Priešingai, net toks lenkas jėzuitas istorikas, Ludwik Piechnik, neseniai išleistoje studijoje "Początki Akademii Wilenskiej, 1569*1600 (Krokuva, 1973 m.) pastebi, kad nemaža išlikusių laiškų, kuriuos P. Skarga, būdamas Vilniaus rektoriumi, yra parašęs įvairiems asmenims, ypačiai savo vyresnybei Romoje, beveik niekuomet nemini universiteto reikalų. Juose daug kalbama apie kovas su kitatikiais, apie karalių Steponą Batorą, apie paties Skargos ruošiamus ir leidžiamus veikalus, apie jėzuitų įkurdinimą įvairiose vietose, ypačiai Polocke ir Rygoje, ir t.t., o apie universitetą ir jo reikalus tik kai kur trumpai teprisimenama (min. veik., psl. 38). Tokia interesų proporcija gana iškalbinga. Ji pasako, kad Skargos būdas mažiau tiko pastoviam, normaliam mokslo įstaigos administravimui; jo dėmesys daugiau krypo į vis naujus didingus planus, susidėjusios aplinkybės jam skyrė vis naujų, savyje svarbių ir neatidėliojamų, tačiau jį nuo pagrindinių pareigų vis labiau atitraukiančių uždavinių. Ta pati situacija atsispindi ir tuo metu Lenkijoje reziduojančių nuncijų pranešimuose. 1579 metų vasarą, kai Skarga skiriamas universiteto rektorium, jo vardas pakartotinai minimas sąryšyje su įžymių didikų ir jų šeimų į katalikybę sugrįžimu. Kai tą pačią vasarą rugpjūčio 30 d. karaliui pavyko užkariauti Polocką, pagrindinis Vilniaus rektoriaus dėmesys norom nenorom krypo, karaliui primygtinai reikalaujant, į užimtame mieste jėzuitų į-kurdinimą. Kaip anksčiau Varševickiui, taip dabar ir Skargai teko paruošti karaliaus fundacinio dokumento projektą (Mon. Pol. Vaticana, IV, psl. 471). 1580 m. vasarą, Skargos vadovaujami, išvyko į Polocką pirmieji jėzuitai. Buvo daug vargo ir rūpesčių dėl nuožmaus kitatikių priešinimosi. Lietuvos kancleris Eustachas Valavičius net išdrįsęs suplėšyti į gabalus jam antspauduoti pristatytą, karaliaus jau pasirašytą, Polocko jėzuitams skirtą dekretą. Tiktai griežtas paties karaliaus perspėjimas privertęs kanclerį tuojau parašyti naują dokumentą ir jį užantspauduoti (plg. min. veik., psl. 471). Sekančiais metais karalius laimingai atgavo Livoniją. Ir čia, Rygos mieste, nutarė įkurdinti jėzuitus ir būtinai norėjo, kad Vilniaus rektorius Skarga vadovautų pirmiesiems Į Rygą vykstantiems ordino kunigams ir broliams.
Su Skargos išvykimu iš Vilniaus į Rygą (1582 m. kovo 2 d.) baigiasi jo faktinis universitetui vadovavimas, pradėtas 1579 m. rugpjūčio 1 d. Kadangi tuomet Skargą rektoriumi buvo paskyręs provinciolas, iki iš Romos ateisiančio oficialaus paskyrimo jis pagal jėzuitų teisę galėjo vadintis tiktai vicerektoriumi, nors svetimieji jam iš karto pradėjo duoti rektoriaus titulą. Rektoriumi paskyrimo dekretas iš Romos Vilnių pasiekė tiktai už metų, 1580 m. rugsėjo mėnesį. Todėl Skarga pilnateisiu Vilniaus universiteto rektorium tebuvo pusantrų metų.
Išvykusį į Rygą Skargą pavadavo vicerektoriaus titulu jaunas (30 metų amžiaus) Paulius Bokša, kuris vos prieš kelias savaites iš Krokuvos buvo atvykęs į Vilnių. Gal tikėtasi, kad po kiek laiko iš Rygos galėsiąs sugrįžti ir pats Skarga. Bet kai jis ten perėmė naujos rezidencijos viršininko pareigas, maža tam beliko vilties. Prisidėjo jau nuo 1581 m. pasigirstą nusiskundimai, kad Skarga mažai tesirūpinąs universiteto reikalais. Dėl to provinciolas J. P. Campano 1582 m. pavasarį nutarė jo nebelaikyti Vilniaus rektoriumi ir tų metų birželio 26 dienos laiške, rašytame ordino generaliniam viršininkui, prašė, kad, iš Romos rašydami Skargai, adrese nebežymėtų "Vilniaus Rektoriui” (Jėz. arch. Romoje, Germ. 160 fol. 93r). Visus universiteto reikalus dabar tvarkė minėtasis Paulius Bokša. Nors jis gerai ir sumaniai ėjo savo pareigas, dėl jauno amžiaus ir taip pat kad neturėjo jokio mokslinio laipsnio, buvo delsiama jam suteikti rektoriaus titulą. Pagaliau 1584 m. pavasarį iš Romos atėjo jo universiteto rektoriumi paskyrimo dekretas, bet provinciolui atrodė būsią geriau tuo dekretu nepasinaudoti ir universiteto vadovavimą pavesti vienam, jau keletą metų universitete teologiją dėstančiam profesoriui, ispanui Garsijai Alabianui.
Nors Skarga pagaliau laikytas "visiškai netinkamas” ("minime idoneus” — J. P. Campano laiške į Romą, 1582 m. gegužės 8 d.) universiteto rektoriais pareigoms, visi pripažino, kad jis turėjo pas karalių, pas Lietuvos įžymiuosius ponus ir pas miesto atstovus didelį autoritetą. Jis buvo visų noriai klausomas pamokslininkas, parašė ir išleido daugybę veikalų ir proginių raštų. Žinant, kaip retai anais laikais Lietuvoje pasirodydavo naujų knygų, galima geriau suprasti, su kokiu dėmesiu jos būdavo visų sutinkamos. Vilniuje būdamas, Skarga parašė, tarp kitų veikalų, garsiuosius "Šventųjų gyvenimus” ir ten pat juos 1579 metais išleido ne be jo įtakos jėzuitams patikėtoje Radvilų spaustuvėje. Iš jo rektoriavimo laikotarpio yra žinomas ir kitas veikalas, parašytas lotynų kalba: "Artes duodecim sacramentariorum. . .” — apie Jėzaus buvimą Eucharistijoje — kuriame polemizuoja su garsiuoju eretiku Andrium Volanu (veikalas išėjo Vilniuje, 1582 m.). Plataus atgarsio Vilniaus katalikų tarpe turėjo Skargos jau 1573 metais prie Šv. Jono bažnyčios įsteigta Kristaus Kūno arba Gailestingumo brolija. Ji suruošdavo iškilmingas Devintinių procesijas ir ypačiai pasižymėjo charitatyvine veikla. Į Skargą kreipdavosi visokiausiais reikalais ne tik miesto diduomenė, ne tik Lietuvos dignitoriai, bet ir pats karalius ir net popiežiaus nuncijus.
Vieną tokį atvejį verta ta proga prisiminti. 1580 m. spalio mėn. popiežių Grigalių XIII pasiekė gandas, kad Vilniuje esąs viešai pastatytas prieš metus mirusiam, iš Vengrijos kilusiam karvedžiui K. Bekešui paminklas, kuriame esąs iškaltas įžūlus ir skandalingas bedieviškas įrašas. Kardinolas sekretorius nenorėjo tuo tikėti ir prašė nuncijų patikrinti, ar tai tiesa. Nuncijus, kuris tuomet gyveno Varšuvoje, gavęs iš Romos laišką, kreipėsi į Vilniaus universiteto rektorių P. Skargą. Šis iš Vilniaus, kur be vargo galėjo patikrinti, kaip iš tikrųjų yra, 1581 m. pradžioje nuncijui atrašęs, kad nesą ten jokios Bekešo epitafijos, nei akmenyje iškaltos, nei šiaip parašytos ir prikabintos. Popiežių pasiekęs tekstas esąs gryniausias paš-kvilis. Nuncijus spėliojo, jog tą paškvilį bus sukūręs ir platinęs A. Volanas (žr. Mon. Pol. Vaticana, IV, psl. 508, 541 ir 553). Nors visa tai paskelbta jau prieš 64 metus, komunistai Lietuvoje nesiliauja būgniję apie Bekešo "antkapio užrašą” ir jo "labai drąsias mintis, greičiausiai vieninteles Europoje” (J. Jurginis, Renesansas ir humanizmas Lietuvoje, Vilnius 1965, psl. 248-249; Lietuviškoji tar. enciklopedija, II, Vilnius 1977, psl. 68, taip pat kalba apie tokį įrašą).
Apie P. Skargą lenkai daug rašė ir teberašo. 30 metų, kuriuos jis dar gyveno po rektoriavimo Vilniuje, praleido daugiausia karaliaus dvare, sakydamas pamokslus, rašydamas aktualiais religiniais klausimais, bendraudamas su krašto gyvenime vadovaujančiais didikais, diskutuodamas su nutolusiais nuo katalikybės ir ne vieną į ją atgal grąžindamas. Keletą kartų jis dar buvo laikinai apsistojęs ir Vilniuje. Jis taip pat dalyvavo istoriniame Brastos sinode, kur 1596 m. spalio 19 d. buvo iškilmingai paskelbta lotynų ir graikų apeigų krikščionių Lenkijos - Lietuvos valstybėje bažnytinė unija.
Nors Skarga, būdamas Vilniaus universiteto rektorium, nieko reikšmingesnio šiai mokslo įstaigai nenuveikė, jo devynerių metų veikla Lietuvos sostinėje paliko neišdildomų pėdsakų: savo visapusišku ir nenuilstamu veiklumu tiek religinėje srityje, tiek visuomeniniame gyvenime, ir taip pat savo visuotinai pripažintu autoritetu jis gal daugiau negu kas kitas padėjo sukurti našiai jėzuitų veiklai palankią atmosferą, kurioje sekančiais dešimtmečiais galėjo sėkmingai vystytis ir klestėti pats universitetas.